Desa Sumerta Kaja adalah merupakan hasil pemekaran dari Desa Sumerta (sekarang Kelurahan Sumerta). Desa Sumerta diberi nama karena pertimbangan (Informasi dari beberapa penglingsir) : Letak Desa Sumerta berada di sebelah Barat Puri (Kerajaan Kesiman)

Sehingga untuk memudahkan dalam penyebutannya, maka diberi nama Desa Sumerta. Desa Sumerta Kaja sah tahun 1979 terbentuk dari hasil Pemekaran Desa Sumerta Menjadi Desa Persiapan sesuai dengan surat Keputusan Bupati Kepala Daerah Tingkat II Badung Nomor : 167/Pem.15/166/1979, tertanggal 1 Desember 1979, Mengingat Desa Sumerta sangat luas maka dimekarkan menjadi Desa Persiapan yaitu :

1. Desa Sumerta Kangin (yang sekarang menjadi Kelurahan Sumerta)
2. Desa Sumerta Kelod
3. Desa Sumerta Kauh
4. Desa Sumerta Kaja

Kemudian selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Bali tertanggal 1 Juni 1982 Nomor : 57 Tahun 1982 ditetapkan menjadi Desa Definitif